海抜383メートルの清澄山に建つ山岳寺である清澄寺。創建は宝亀2年（771）、不思議法師が虚空蔵菩薩を刻んでこの地に安置。のちに慈覚大師が12の僧坊と25の祠堂を建て、房総第一の天台宗の大寺となりました。
江戸時代の初めに真言宗の僧・頼勢法印が再興し、真言宗智山派の寺に。徳川家康の帰依を得て、10万石の格式がある本山格の寺になりました。

日蓮宗の開祖である日蓮聖人が入山したのは鎌倉時代の天福元年(1233)、12才のとき。ここで修行に励んだ聖人は、さらに諸国で各宗の奥義を学んだ後、帰山。建長５年（1253）、32歳のときに清澄山旭が森で立教開宗の第一声をあげ、日蓮宗の布教活動を始めたとされています。一方で清澄寺は明治初期の廃仏毀釈の影響もあって衰退。昭和24年に真言宗から日蓮宗に改宗し、宗祖日蓮聖人出家得度・立教開宗の霊場、日蓮宗大本山清澄寺となりました。